Puede que sea falta de costumbre, si es que tú mismo lo supones porque no la tengas. Prueba a nadar más relajado, no tensar mucho el cuello. La natación te ayudará a fortalecerlo (con la ayuda que aporta el fortalecer brazos y el resto de músculos que hacen que no cargues tanto el cuello) pero poco a poco, no hay que frozar.
Si tienes problemas también fuera del agua, quizá tengas que ir al médico.
Te ayudará también fortalecer los brazos fuera del agua con ejercicios suaves tipo calentamiento, siempre y cuando no fuerces el cuello