Acabo de encontrar esto, y resulta que estaba yo con este mismo problema.
Siempre se me había dado bien nadar respirando hacia un lado cada 4 brazadas, desde hace dos meses q me estoy tomando en "serio" (5 días por semana a 1:30h por día) esto de nadar y resulta q me había empezado a doler el cuello y sobre todo el hombro del lado contrario por el q respiraba. Buscando información, leí algo sobre el hombro de nadador, q me parece q era justo lo que me pasaba a mí, y digo pasaba pq empecé a probar a respirar cada 3 brazadas, o sea, alternando el lado de la respiración, y curiosamente me han desaparecido los dolores.
Cierto es q nado algo más lento, pero solo un poco más, y después de una semana ya le voy cogiendo el ritmo de nuevo, creo q en poco tiempo nadaré más o menos igual, o quizás más rápido, pq me he dado cuenta q me canso menos, a lo mejor es q 4 brazadas eran muchas antes.
Así que mi consejo es q si sólo nadais por diversión o hacer ejercicio como yo lo intentéis y no desespereis pq al principio os desequilibreis, q en unos días la cosa merecerá la pena sin duda.