Hola Carlos!
Puede tener que ver con forzar demasiado el empeine cuando nadas; debes llevar el tobillo relajado, no forzando la hiperextensión. Y como te dice chamartin, calinta antes de entrar al agua, y estia después. No te preocupes, eso del tendón del puente del pie es bastante más común de lo que crees. Si te sucede en medio de la piscina, agarrate a una corchera y vete hasta la pared para estirar. Saluz!