Efectivamente es mejor alternar la respiración de lado a lado sobretodo para nadar distancias. Hace años que nado respirando del mismo lado, compenso al no respirar cada dos brazadas pero aún así se te cansan los musculos del cuello por girar siempre la cabeza a un mismo lado.
Si el objetivo es hacer un sprint no importa tanto.
Mi solución preferida a este problema la encontré mirando a Thorpe, el tipo nada un largo respirando de un lado y luego el otro respirando del otro lado.