Hasta donde yo sé es para fortalecer, es decir, al crear más resistencia tienes que ejercer más fuerza con el músculo y por tanto lo trabajas más. Es como "ir al gimnasio" estando dentro del agua. Al igual que hacer pies con aletas largas, tienes que hacer mayor esfuerzo que con las cortas o sin ellas y eso se supone repercute en la musculatura de tus piernas (lo normal es utilizar las cortas, para mejorar técnica y ejercitar las piernas, pero si quieres una carga extra puedes usar las largas, ojo con los gemelos).
No obstante siempre recomiendan tener mucho cuidado con ellas, si no se tiene buena técnica su uso puede ser perjudicial (por estar haciendo un movimiento erróneo imprimiéndole más fuerza/carga de lo habitual).