Hola Valero. Tengo un fenix 3, e imagino que funcionan igual.
Te explico cómo lo hago yo y ya me dirás si es lo que necesitas o tu pregunta apunta o otro lado. Asumo que ya tenés configurado el reloj en los 25 m. Cuando quieras iniciar tu entrenamiento presiones el botón de arriba a la derecha (start), seleccionas natación piscina volviendo a presionar dicho botón y cuando estés listo lo presionas una vez más y comienza a contar tu entrenamiento. Cuando toque hacer una pausa presionas el botón de abajo a la derecha y por defecto te mostrará el tiempo de descanso, el tiempo del intervalo, la distancia recorrida y el acumulado del tiempo del intervalo + el descanso.
Cuando quieras volver a salir presionas nuevamente el botón de abajo a la derecha y así hasta terminar tu entrenamiento.
Al finalizar presionas nuevamente el botón de ARRIBA a la derecha, seleccionas guardar y hecho. Y listo.