Hola Ayari.
Lo primero decirte que no se puede dar una correcta opinión o consejo sin conocer el grado de los problemas de tu hermano. El pediatra debería darte más información al respecto, como por ejemplo si necesita un fisioterapeuta.
En principio no tiene por qué correr ningún riesgo, siempre y cuando se tomen las precauciones necesrias. Yo, por ejemplo, no le llevaría a un curso donde el número de alumnos sea de 30 niños, donde el profesor no da abasto, ya que tu hermano necesita una atención personalizada, no solo por sus problemas físicos, sino por su problema de inseguridad. En este aspecto el profesor juega un gran papel.
Lo ideal sería que te metieras tu con él en el agua y un profesor te paute los ejercicios de debes hacer con él. Las clases deberán ser breves, al menos en un principio y según vaya mejorando aumentar el tiempo. También deberá "trabajar" con el profe, jugar y relacionarse con otros niños. El número de alumnos deberá ser reducido. Deberás tener mucha paciencia y constancia. Habla con el profesor y no dudes en preguntar todas tus dudas. Si no estás muy convencida con el profesor, busca otro grupo u otro curso.
Un saludo y que se recupere pronto.